中心2009年度院奖申报取得了较好的成绩，申报的“长江下游及河口区渔业资源调查评估及春禁效果跟踪”、“水体铜对经济甲壳动物生长及蜕皮的影响机制研究”和“克氏原螯虾工厂化人工诱导育苗技术及工艺研究”三项成果同时获得2009年度中国水产科学研究院科技进步二等奖，这一成绩的取得有效增强了中心科技创新的信心和科技支撑产业发展的动力。
“长江下游及河口区渔业资源调查评估及春禁效果跟踪”在长江下游及河口区持续进行了十余年的基础调查研究，开展了重要洄游性经济种类的汛期调查和春季禁渔效果评估，积累了大量渔业资源本底数据，填补了相关研究的空白。“水体铜对经济甲壳动物生长及蜕皮的影响机制研究”从理论上阐明了铜离子对虾蟹蜕皮生长的影响机理，同时在实践上建立了一套科学的养殖水体甲壳动物铜离子污染的危险评价体系。“克氏原螯虾工厂化人工诱导育苗技术及工艺研究”针对育苗生产中存在的实际问题开展研究，采取一系列创新性的技术措施，建立了克氏原螯虾苗种配套和标准化育苗体系，获得了多项发明专利。
今后，中心将进一步加大重大科技成果的培育力度，积极争取省部级科技奖励，为科技创新体系建设做出更大的贡献。