5月12日下午，四川汶川发生强烈地震，给当地群众生命财产造成重大损失，水产养殖业在此次地震中遭受重创。中心全体职工积极响应党中央、国务院号召，密切关注灾情发展，心系灾区人民，踊跃捐款。决心以实际行动，做好本职工作，随时听从组织召唤，投入防疫减灾和科技救灾工作。
5月23日，中心召开了所领导与各研究室、有关部门负责人参加的会议，组织和部署抗震救灾工作。号召相关部门和专家做好灾后恢复生产的各项准备工作，利用中心在淡水养殖领域的技术优势，公布专家热线电话，向灾区提供技术咨询，在《科学养鱼》杂志和中心网站上发布。积极与四川省渔业部门保持联系，了解渔业损失情况，组织专家随时准备赴地震灾区参与渔业灾后重建和恢复生产。中心与四川省水产研究所有良好的合作关系，双方已达成共识，共同提出灾后恢复生产科研项目，并抓紧组织实施。中心与通威集团有长期科研合作关系，这次四川通威公司德阳基地养殖设施在地震中损失严重，中心决定将该基地的部分试验项目转移到中心的实验基地进行，为此我中心的宜兴基地已做好了充分准备。中心的科技入户专家也已将“地震灾后水产养殖恢复生产技术明白纸”提供给灾区。
另外，今年春天以来通过综合治理和引江济太工程，太湖水质有了明显改善。但随着入夏天气转热，蓝藻在太湖局部地区已开始聚集，目前无锡的太湖蓝藻打捞工作已经在一些区域展开。中心领导要求有关研究室积极行动起来，采取科学有效的措施应对太湖蓝藻，做好太湖水质监测和预报，及时向院和有关部门通报进展情况，为太湖蓝藻爆发的预警和生态恢复作出积极贡献。