水科院首席科学家、淡水渔业中心杨健研究员于2004年11月21日开始执行日本东京大学海洋研究所和淡水渔业研究中心的渔业水域生态环境的监测与保护合作研究；在院、中心领导和相关部门的关怀和支持下，顺利完成了相关研究工作，于11月24日按时返回淡水渔业研究中心。 在合作期间，杨健研究员在合作专家宫崎信之教授的支持下，较为全面地研究了环境激素类化合物-有机锡在淡水污染指示动物背角无齿蚌及海洋指示动物白胸拟鼠海豚体内的生物积累、可能的代谢途径和能力、所反映的环境背景值和监测效果等内容，取得了大量高水平的结果。另外，在合作专家塚本胜己教授、新井崇臣副教授的协助下，进一步开展了利用电子探针仪通过耳石中微量元素的“环境指纹”，研究长江口水域洄游性经济鱼类（特别是刀鲚、凤鲚等）生活史过程中的环境变化、群体组成、洄游特征的尝试，为今后利用该先进技术，大规模准确研究长江洄游性经济鱼类孵化、发育、生长、繁殖等阶段中所在水环境的变化履历、洄游启动的环境因子、洄游过程中可能受环境污染胁迫的程度和上述结果在相关资源增养殖和物种保护方面的应用等打下了坚实的基础。此外，他还一丝不苟地兼顾国内的科研及研究生培养工作，亦取得了丰硕成果。期间他及其项目组成员和学生共有15篇国内一级学报论文、12篇SCI杂志论文和3篇其它国内学术论文刊出或被正式接受。 在合作期间，杨健研究员还和相关领域许多重要的机构和学者们进行了广泛地交流。先后参加了5次重要的学术会议，访问了美国加州大学斯克利普斯海洋学院、国家西南渔业中心；日本水产综合研究中心本部、中央、西海区、濑户内海区3个水产研究所、伯方岛、宫古2个栽培渔业中心；九州大学农学研究院、爱媛大学沿岸环境科学研究中心；海洋生物环境研究所等。他还邀请东京大学海洋研究所宫崎信之教授、日本国立极地研究所内藤靖彦教授等研究者5人次，访问淡水渔业研究中心和长江水产研究所，在进行深入交流的同时，和相关的学术骨干开展了利用数据记录仪研究中华鲟昼夜活动规律的预研究，取得了大量第一手资料。 杨健研究员此次赴日本进行合作研究，在走出去和请进来方面均取得了较为满意的结果，为今后和上述机构和学者开展进一步的科研合作打下坚实的基础。