淡水渔业研究中心在承担国家、省部等科研任务外，同时力争科研为所在地方经济服务。依据无锡市“打太湖牌，建山水城”的城市发展战略，在蠡湖地区于2002年起实施了生态保护修复和水环境治理综合措施的基础上，提出“十一五”期间为无锡市的“城中湖”—五里湖实施“净水渔业”项目，这是一项治湖的“内源性方法”，与正在实施的“外源性方法”同步，会取得明显成效。拟通过“净水渔业”技术达到提高水体自净能力、改善水质、改善景观、保护生物多样性、进而建立有机水产品的种质产业基地，重建五里湖的水生生态系统，该项目总经费800万元人民币。“五里湖净水渔业技术研究与示范”项目经无锡市发展和改革委员会批准，由无锡市农林局、中国水产科学研究院淡水渔业研究中心联合承担，项目负责人为农林局杨立强局长，首席专家为淡水中心主任徐跑研究员，该项目已正式启动。 本项目以现代生态学理论为基础，根据水体特定的环境条件，以保护水环境为目的，通过选择适当的鱼、虾、贝类进行人工放养，修复该水域被破坏的水生动物群落组成，增强水体自净能力，保障生态平衡，从而达到既保护水环境，又能充分利用水体的渔产力的一种渔业生产方式 。其关键技术是对五里湖的生态评估与养殖容量确定、生物多样性保护规划的制定、净水渔业生物品种确定、物种遗传性与种质的保护技术和科学管理等，目前正在进行调查和筛选净水水生生物品种、检测五里湖生物多样性现状等方面的工作。