1、水产健康养殖和设施渔业研究

水产健康养殖研究：重点研究养殖水域营养动力学和水动力学与养殖容纳量的关系，建立水域能量收支交换与个体、群体营养需求模型，估算特定水域某个或几个养殖种类的容纳量；研究不同养殖方式单养品种和多元养殖品种结构、养殖水域生态要素对养殖生物生长、生理变化及行为的影响，养殖系统中的能量交换及物质转化效率，水环境控制及生物降解技术，健康养殖品种及健康生理指标；及池塘养殖系统的改造、养殖环境的生态调控和优化和综合生态养殖技术等，为养殖业的持续健康发展提供科学依据。

设施渔业研究：重点研究淡水优质养殖对象及苗种培育的工厂化养殖新技术、新方法，解决其相关的养殖工艺、水质控制和净化处理、增温、自动控制等工艺及设备，研究相应的高效、低污染饲料。

2、特种水生动物繁殖技术研究

重点研究地方特种水生经济动物及国外引进品种的繁殖生态学和繁殖生理学，包括对环境的要求、繁殖时间、性腺发育规律及生殖调控等，为人工繁殖提供理论依据。研究特种水生动物的人工繁殖技术，包括亲本的培育、性腺成熟的鉴别及控制、人工催产、孵化等技术；研究苗种规模化培育及培育中水体生态环境、水质理化指标监控、稚幼鱼饵料、病害防治等技术。