1、渔业环境质量检测

渔业生态环境监测、预警和诊断技术，污染生态学和环境安全评价技术，健康养殖和退化水域生态系统重建与修复技术，湿地生态系统保护技术，渔业生态环境质量的管理技术。

2、污染物毒理学及控制技术和生物修复

主要有鱼类毒理学研究，内容涉及各种水体污染物、鱼用药物及其在水环境中经物理、化学和微生物降解后的次生产物对鱼类的急性毒性、亚急性毒性、慢性毒性、生化毒性和遗传毒性的影响。生物修复与环境微生物学：通过从自然环境中筛选出具有快速降解水环境污染物的高效有益菌种并进行复配，利用微生物的共基质代谢，通过微生物种群的特性和群落的结构与功能来改变水体环境中各种物质的存在形式和数量，从而引起与之相关联的其它生物种群的变化，并通过生存竞争的方式来抑制病原生物的繁殖，对养殖生物机体内的微生态和养殖生物生存的水体生态系统进行全方位的生物修复，以达到健康养殖、生产绿色无公害水产品的最终目的。利用现代生物技术实现污染控制与污水资源化的研究：通过细胞融合、转基因等技术构建具有多种优势的富含蛋白质的生物细胞，在转化污染物的同时生产单细胞蛋白。

3、水产品质量安全监控

重点研究水产生物的组织成份，对饵料营养物和添加物的消化、吸收及积累机制，对水中有毒物的渗透、吸收和积累过程进行研究；查明有害物质在组织中的分布以及与水产品质量相关成份的变化和质量下降的原因；研究快速检测技术和质量评价技术，水产品质量标准制定等，为水产品质量监控提供科学依据。