1、重要水生动物种质资源研究
研究水生动物种质资源的检测、评价和种质保存技术；进行生物多样性的评价及经济性状的遗传基础研究和遗传物质功能研究；研究在群体、个体、细胞及分子水平保存水生动物种质资源的技术途径，完善天然水域和人工低温种质资源库和种质资源数据库，为水生动物资源保存、保护和利用提供科学依据。
2、水产生物技术
进行水产生物技术应用基础和应用研究；水产生物基因工程育种研究，进行水产养殖动物生长、发育、生殖及抗病相关功能基因的筛选、分离与克隆技术研究，运用转基因技术，获得高产、优质、抗逆的转基因水产养殖动物；进行水产生物的细胞学和细胞工程育种研究，进行鱼类细胞培养、细胞融合和核移植、雌雄核发育和性别控制、克隆技术、鱼类的远缘杂交等研究
