日前，中国水产科学研究院淡水渔业研究中心傅洪拓研究员团队与华大海洋研究院石琼研究员团队合作，完成了染色体水平青虾基因组图谱拼装，该项工作是青虾和虾蟹类基因组研究的重要突破。研究结果已于2021年1月18日在线发表在GigaScience，淡水渔业研究中心金舒博博士等为第一作者，傅洪拓研究员等为通讯作者。

图1-青虾

研究团队依托江苏省水产三新工程“基于全基因组测序的青虾种质资源和功能基因挖掘（D2015-16）”等项目的资助，对青虾进行全基因组测序和拼装。由于青虾基因组约为4.57Gb,属于养殖虾蟹类中已知基因组最大的，同时杂合度较高，因此基因组拼装面临诸多困难。自2015年起，、研究团队开展了青虾全基因组二代Illumina测序、三代Pacbio测序及Hic测序，测序总量超过1500G。历时5年攻关，最终完成了染色体水平青虾全基因组图谱拼装。拼装的青虾基因组总长4.5G，Scaffold N50为86.8 Mb，BUSCO值达到92.6%；结合HIC文库，组装出49条青虾染色体；全基因组共预测到了44，086个蛋白编码基因，其中39,317个基因被功能注释，挖掘性别相关基因21个；通过4dTv分析发现，青虾在大约1亿年前经历过一次全基因组复制（WGD）事件；基因组进化分析显示青虾与L. vannamei和P. virginalis的共同祖先在大约3.27亿年前分离。

图2-系统发育树和4dTv研究结果

图3-青虾性别相关基因的染色体分布

青虾是我国重要的淡水养殖虾类，全国年养殖产量超过20万吨，年产值约200亿元，青虾养殖已成为农业增效、农民增收的重要途径。染色体水平青虾全基因组图谱的完成，可为青虾重要功能基因挖掘、分子育种、性别控制机制等研究提供强有力的背景支持，具有重要的学术价值和产业应用前景。

（水产遗传育种研究室 供稿）