扬中基地位于江苏省镇江扬中市三茅街道扬中市现代渔业产业园区内(三茅街道永和村),其经纬度为北纬N32°18′6.66″,东经E119°47′49.91″。基地自2016年开始建设,2020年建设完成,整体规模为375.56亩,东至向阳河,西至万福港,南至环岛公路,北至北江堤。建有实验室2434平方米,配备了小球藻培养室、科研实验室、会议室和培训室;建有鱼类工厂化育种、繁育和养殖车间3幢,面积为9000 平方米;配套了循环水养殖设施、微生物发酵设备。实施标准化池塘改造面积304.4亩,建有18条池塘工程化循环水养殖水槽和12个池塘营养动力学专用循环水池。功能定位为重要长江特色水生生物种质资源保存基地、池塘工程化循环水养殖示范基地(IPRS)、“一带一路”国际水产养殖试验示范基地、全功能的长江特色水生动物综合性试验基地。